1.純化RNA
在轉染前要確認RNA的大小和純度。為得到高純度的RNA，推薦用玻璃纖維結合，洗脫或通過15-20%丙烯酰胺膠除去反應中多余的核苷酸，小的寡核苷酸，蛋白和鹽離子。注意：化學合成的RNA通常需要跑膠電泳純化（即PAGE膠純化）。
 
2.避免RNA酶污染
微量的RNA酶將導致RNA實驗失敗。由于實驗環境中RNA酶普遍存在，如皮膚，頭發，所有徒手接觸過的物品或暴露在空氣中的物品等，此保證實驗每個步驟不受RNA酶污染非常重要。
 
3.健康的細胞培養物和嚴格的操作確保轉染的重復性
通常，健康的細胞轉染效率較高。此外，較低的傳代數能確保每次實驗所用細胞的穩定性。為了優化實驗，推薦用50代以下的轉染細胞，否則細胞轉染效率會隨時間明顯下降。
 
4.選擇合適的轉染試劑
針對RNA制備方法以及靶細胞類型的不同，選擇好的轉染試劑和優化的操作對RNA實驗的成功至關重要。

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